Secara politis tertinggi, sang Comte juga menjadi master gereja. Kepausan mendukung seorang pangeran yang memulihkan Sisilia dari bangsa Yunani dan Muslim, pada tahun 1098 memberi Ruggeru dan ahli warisnya sebagai anggota Apostolik di pulau ini. Ruggeru menciptakan keuskupan Latin baru di Sirakusa, Agrigento dan tempat lain, mencalonkan para uskup secara pribadi, sementara ia mengubah keuskupan agung Palermo menjadi takhta Katolik. Ia mempraktikkan toleransi umum terhadap orang Arab dan Yunani, bahkan mensponsori pembangunan lebih dari dua belas biara Yunani di wilayah Val Demone.[8] Di kota-kota, kaum Muslimin, yang pada umumnya mendapatkan hak tersebut dalam hal penyerahan diri, mempertahankan masjid mereka, kadis mereka, dan kebebasan perdagangan; Namun di negara ini, mereka menjadi budak. Ruggeru menarik massa infanteri dari kaum Muslim, Santo Anselmus, yang mengunjunginya saat pengepungan Capua, 1098, menemukan "tenda coklat orang Arab tidak terhitung banyaknya". Meskipun demikian, elemen Latin mulai berlaku, saat Lombardia dan orang Italia lainnya berbondong-bondong ke pulau tersebut setelah penaklukan, dan penaklukan Sisilia terbukti menentukan dalam mantapnya kekuasaan Muslim di Mediterania barat sejak saat ini.

Ruggeru meninggal di Mileto.